Owen Hargreaves se narodil v Kanadě, kde jeho rodiče emigrovali na začátku 80. let minulého století. Jeho otec hrál za Bolton Wanderers a také kanadskou fotbalovou ligu za Calgary Kickers. Záložník začal svojí fotbalovou kariéru v Calgary Foothills a v 16ti letech zaujal skauty německého Bayernu Mnichov. V červenci roku 1997 přestoupil do Bayernu Mnichov a dva a půl roku hrál za výběr německého klubu do 19ti let.
Poté půl roku hrál za amatérský tým bavorského klubu. V srpnu roku 2000 dostal Hargreaves šanci od manažera Howarda Wilkinsona, který vedl anglickou reprezentaci do 21 let. Nastoupil v zápase proti Gruzii, Anglie tento zápas vyhrála 6:1. Poté nastoupil za anglickou reprezentaci do 21 let i v přátelských utkání proti Itálii a Španělsku.
12. srpna 2000 Owen Hargreaves odehrál svůj první zápas za první tým Bayernu Mnichov, když v závěru utkání střídal Carstena Janckera. O měsíc později v září roku 2000 se Owen představil v základní sestavě v utkání proti SpVgg Unterhaching. Zahrál si dokonce v semifinále Ligy Mistrů proti Realu Madrid, když nahradil Stefana Effenberga a poprvé tak výrazně na sebe přilákal pozornost britských fanoušků a novinářů.
Tato sezóna byla pro Bayern Mnichov velmi úspěšná, když vyhrál Bundesligu a také Ligu Mistrů, když ve finále porazil Valencii až v penaltovém rozstřelu. Hargreaves se tak stal teprve druhým anglickým hráčem působícím mimo Anglii, který vyhrál Ligu Mistrů. Před ním to dokázal pouze Steve McManaman s Realem Madrid. Svými dobrými výkony si zasloužil pozvánku do anglické reprezentace, kde debutoval v srpnu roku 2001 v utkání proti Holandsku. Stal se prvním hráčem, který hrál za Anglii a nikdy v Anglii nežil a nehrál za žádný anglický klub.
V sezóně 2001/2002 se Hargreaves usadil v základní sestavě Bayernu a odehrál celkem 46 utkání. I když Bayern v této sezóně žádnou trofej nezískal, stal se Hargreaves klíčovým hráčem klubu. V roce 2002 hrál na MS v Koreji a Japonsku, kvůli zranění ale odehrál pouze dvě utkání. Byl navíc jediným hráčem Albionu, který nehrál v Premier League.
Sezóna 2002/2003 byla opět úspěšná, když Bayern vyhrál jak ligu, tak ligovýn pohár. V lednu roku 2003 vstřelil svůj první gól v Budeslize v utkání proti Mönchengladbachu. V další sezóně Bayern opět skončil bez trofeje, ale v sezóně 2004/2005 získal Double - ligu i pohár. I v sezóně 2005/2006 Bayern získal jak pohár, tak ligu.
V srpnu roku 2005 vstřelil Hargreaves svůj první gól v nové Allianz Arena a bylo to zase v utkání proti Mönchengladbachu. V létě roku 2006 se zúčastnil MS 2006 v Německu. Od fanoušků i novinářů se ale dostal velké kritiky hlavně za to, že než Angličan je to spíš Němec. Ve čtvrtfinále proti Portugalsku byl dokonce vyhlášen mužem zápasu.
V srpnu roku 2006 byl vyhlášen také mužem zápasu v utkání proti Řecku a po Davidu Beckhamovi zdědil dres s číslem 7. Svými skvělými výkony upoutal pozornost Sira Alexe Fergusona, který jej chtěl za každou cenu získat na Old Trafford. Ale německý klub nechtěl o prodeji ani slyšet. Na začátku sezóny 2006/2007 si zlomil v jednom utkání nohu a většinu sezóny promarodil. Tato sezóna byla pro Bayern velmi neúspěšná a bavorský klub se v nové sezóně dokonce nepodívá ani do Ligy Mistrů.
