Mikael Silvestre začal svoji kariéru ve francouzském prvoligovém týmu Rennes v sezóne 1995/1996. Po vybudovaní dobré pověsti a podávaní dobrých výkonů v sezóně 1997/1998 se stěhoval do italské Serie A, kde podepsal smlouvu s milánským Interem.
Po čase první sezóny v Itálii odehrál 18 ligových střetnutí, v kterých zaznamenal jeden gól. Šest krát nastoupil také v Lize Mistrů, kromě čtvrtfinálové odvety proti Manchestru United, který nakonec postoupil s celkovým skóre 3-1. Na Apeninském poloostrově však Mikael vydržel jen rok - 10. září 1999 za 3,5 miliónů liber přestupuje do Manchestru United.
Jeho první rok na Old Trafford se nedal označit jako dobrý, ve druhé sezóně v Anglii se však výrazně zlepšil. Silvestre rázně odpovídal svým kritikům a rychle se stal důležitým článkem základní sestavy. Po příchodu do Manchesteru se Mikael po boku Jaapa Stama v obraně nikdy výrazněji neprosadil. Sezóna 2000/2001 však znamenala nečakaný obrat, na konto si připsal start v 50 zápasech a manažerovi dokázal, že jeho investice se oplatila.
Nikdy nebylo pochyb, že Alex Ferguson na Silvestrovi obdivuje jeho útočné schopnosti rovněž jako jeho defenzívní oddanost. Mikael totiž dokáže hrát na různých místech v obraně a jako krajní obránce dokáže výborně podporovat i útok. Jeho rýchly běh a na obránce skvělý driblink výrazně zvětšuje útočnou hrozbu United, co najnápadněj se předvedl proti Panathinaikosu, kdy přessprintoval 50 yardů, obešel dva obránce a nakonec nahrál na gól.
Mikaelova excelentní forma a cenná univerzálnost ho přivedla až do národního mužstva Francie - první zápas za reprezentaci Galského kohouta odehrál rovnou na Stade de France proti Německu. Silvestre dokonce v Paříži skóroval a to v střetnutí proti Portugalsku (4-0). Prní gól za United zaslouženě střelil v březnu 2001 v domácím zápase s Leicesterem. Obrana Red Devils v sezóně 2001/2002 nebyla ani zdaleka pevná, Silvestre byl jedním z mála chválených obranců.
V sezóně 2002/2003 hrál několik zápasů ve středu obrany po boku Wesa Browna a právě o tomhle místě vyhlasoval, že je to jeho oblíbená pozice. United však vynaložili obrovské prostředky na nákup Ria Ferdinanda a po jeho příchodu se zranil. Mikael musel opět vrátit na levou stranu defenzívy. Byla to však vydařená sezóna - i Silvestre se velkou mírou podílel na vítězství v Premier League a vytvoření rekordu v najmenším počtu inkasovaných gólů. Dal také vítězný gól na Old Traffordu v zápase s Leedsem (2-1). Alex Ferguson ho postupem času opět zařadil do středu obrany - s Rio Ferdinandem výborně spolupracovali a vytvořili mimořádně pevnou a spolehlivou dvojci.
